Na obszarze Gminy Ciechocin znajdują się zarówno wieloprzestrzenne formy ochrony krajobrazu, jak i indywidualne formy ochrony przyrody.

Rozporządzeniem nr 21/92 Wojewody Toruńskiego z dnia 10 grudnia 1992 r. wyznaczono obszar chronionego krajobrazu „Obszar Doliny Drwęcy”. Objął on swym zasięgiem część Gminy Ciechocin o powierzchni 5820,0 ha (57,3% powierzchni Gminy) w otoczeniu dolin rzeki Drwęcy i jeziora Okonin oraz doliny rzeki Łubianki.

Formą o najwyższej randze ochrony na terenie gminy jest rezerwat przyrody „Rzeka Drwęca”. Rezerwat ten został uznany Zarządzeniem Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego z dnia 27 lipca 1961 r. Ochroną objęto koryto rzeki wraz z przybrzeżnym pasem o szerokości 5 m po obu stronach rzeki. Celem uznania rezerwatu jest ochrona środowiska wodnego i ryb w nim żyjących, szczególnie pstrąga, łososia, troci i certy. Wyżej wymienione rozporządzenie wprowadza na terenie rezerwatu szereg zakazów, m.in. zakaz przegradzania rzeki urządzeniami uniemożliwiającymi rybom swobodny przepływ, niszczenia i usuwania oraz jakiejkolwiek eksploatacji roślinności wodnej, wycinania drzew i krzewów, a także  trzciny, sitowia i innych roślin oraz koszenia trawy.

Część rezerwatu o powierzchni 95,0 ha znajduje się na terenie gminy. Wszystkie działania w zakresie zagospodarowania brzegów rzeki (w tym dla potrzeb turystyki i rekreacji) należy uzgodnić z Wojewódzkim Konserwatorem Przyrody.

Na terenie Gminy Ciechocin znajdują się następujące pomniki przyrody:

- jesion wyniosły o obwodzie 280 cm i wysokości 28 m w oddziale 233 b leśnictwa Kępa

- dąb szypułkowy o obwodzie 423 cm i wysokości 28 m w oddziale 324 b leśnictwa Kępa

- grupa 7 topól białych obwodach 271 – 371 cm i wysokościach 39 – 42 m w oddziale 213 f leśnictwa Kępa

            Ponadto na obszarze gminy znajduje się jeden park dworski we wsi Świętosław o powierzchni 2,0 ha. Park nie podlega ochronie prawnej na mocy ustawy o ochronie dóbr kultury – nie jest wpisany do rejestru zabytków. Poza znaczeniem historycznym i kulturowym pełni jednak ważną funkcję ekologiczną wzbogacając i urozmaicając środowisko przyrodnicze. Stanowi enklawę zieleni na prawie bezleśnej wysoczyźnie morenowej.

Ochronie podlegają także ciągi szpalerowe drzew wzdłuż dróg .